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Variabilität der Probenhandhabung
Ziel dieser Untersuchung war es, die Auswirkungen von Abweichungen in der
Probenhandhabung auf die Leistung des therascreen KRAS RGQ PCR Kits zu
beurteilen. Diese Untersuchung ergänzt die Wiederholbarkeits- und Reproduzier-
barkeitsuntersuchung durch eine Analyse der Abweichungen in der Proben-
handhabung bei Verarbeitung der gleichen klinischen FFPE-Schnitte und FFPE-
Zelllinienschnitte an 3 Standorten und anschließendem Test mittels therascreen
KRAS RGQ PCR Kit.
Kolorektalkarzinom
Es wurden von 10 FFPE-Kolorektalkarzinomproben jeweils 30 sequenzielle 5-µm-
Schnitte genommen (3 Wildtyp und 1 pro Mutation). Die Schnitte wurden über
die 3 Testorte randomisiert, so dass jeder Testort pro FFPE-Probe 10 Schnitte
erhielt (insgesamt 100 Schnitte). Von den 300 getesteten DNA-Extrakten waren
298 Proben gültig. Für die KRAS-Mutationsbestimmungen wurde über die
3 Testorte eine Übereinstimmung von 99,33 % erzielt.
Ein Vergleich der ∆C
-Mittelwerte nach Testort für mutierte Proben und Wildtyp-
T
Proben ergab, dass für die Ergebnisse eine sehr gute Übereinstimmung erhalten
wurde. Die Ergebnisse belegen, dass bei der DNA-Extraktion und Proben-
vorbereitung in Verbindung mit dem therascreen KRAS RGQ PCR Kit eine
gute Übereinstimmung erzielt wird.
NSCLC
Für diese Untersuchung wurden 13 klinische NSCLC-Proben (3 × 12ASP,
3 × 12CYS, 4 × 12VAL, 3 × Wildtyp) sowie 4 FFPE-Zelllinienproben (12ALA,
12ARG, 12SER, 13ASP) verwendet. Die Proben wurden jeweils auf andere Art
gewonnen: mittels chirurgischer Exzision, Feinnadelbiopsie oder Nadelbiopsie.
Die Zelllinien wurden zur Repräsentation seltener Mutationen genutzt, von
denen kein klinisches NSCLC-Gewebe verfügbar war.
Die 3 Batches mit je 20 FFPE-Schnitten wurden dann zufällig auf die 3 Standorte
verteilt. An jedem der 3 Standorte wurde die DNA aus einem Batch von
20 FFPE-Schnitten (10 Paaren) pro Mutation bzw. Wildtyp extrahiert.
Bei den Tests der vorbereiteten Proben mit dem therascreen KRAS RGQ PCR Kit
an den 3 verschiedenen Teststandorten war die Mutationsbestimmung bei allen
7 Mutationen und den Wildtyp-Proben korrekt. Die Gesamtquote der korrekten
Bestimmungen bei den 7 Mutationen und den Wildtyp-Proben betrug 100 %,
was belegt, dass die DNA-Extraktion und der Mutationsnachweis mit dem
therascreen KRAS RGQ PCR Kit standortübergreifend konsistent war.
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therascreen KRAS RGQ PCR Kit Handbuch 01/2019
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