Kapitel
Inhaltsverzeichnis
Fehlerbehebung
Verwandte Anleitungen für Agilent G4900DA
Inhaltszusammenfassung für Agilent G4900DA
- Seite 1 Agilent G4900DA SureScan Microarray-Scannersystem Microarray Scan Control Software 9.1 Benutzerhandbuch Verwendung ausschließlich für Forschungszwecke. Nicht für den Einsatz in Diagnoseverfahren geeignet. Revision B0, September 2019...
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Seite 2: Sicherheitshinweise
Hinweise Garantie Sicherheitshinweise © Agilent Technologies, Inc. 2011-2013, 2015, 2019 Das in diesem Dokument enthaltene Material Gemäß der Urheberrechtsgesetzgebung wird ohne Mängelgewähr bereitgestellt. VORSIC HT in den USA und internationaler Änderungen in nachfolgenden Ausgaben Urheberrechtsgesetzgebung darf dieses vorbehalten. Darüber hinaus übernimmt Agilent... - Seite 3 Erste Schritte In diesem Kapitel erfahren Sie, wie Sie den SureScan-Scanner sicher bedienen und wie Sie Objektträger mit dem Agilent Microarray Scan-Steuerungsprogramm einrichten und dann scannen. Verwenden des Scan-Steuerungsprogramms In diesem Kapitel wird beschrieben, wie Sie das Scan-Steuerungsprogramm verwenden, um den Scanner einzurichten und zu betreiben.
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Seite 4: Inhaltsverzeichnis
Inhalt Inhalt Einführung Ein leistungsstarkes Gerät für Microarray-Analysen Systembeschreibung Hardware- und Softwarefunktionen 10 Teileliste 10 PC-Systemanforderungen 11 Physische Beschreibung des Scanners 11 Vorbereiten des Gerätestandorts 12 Sicherheitsrichtlinien 12 Arbeitsweise Positionierung der Objektträger 14 Laseranregung 14 Scannen 14 Fluoreszenzdetektion 14 Auf der Computer-Arbeitsstation installierte Software Erste Schritte Bedienen des Scanners Schritt 1. - Seite 5 So entfernen Sie ein Scan-Protokoll Erstellen und Ändern von Scan-Bereichen So erstellen Sie einen Scan-Bereich 39 Ändern eines bestehenden Scan-Bereichs für Nicht-Agilent Objektträger 39 So exportieren Sie einen Scan-Bereich 40 So importieren Sie einen Scan-Bereich 40 So entfernen Sie einen Scan-Bereich Hinzufügen eines Strichcodes...
- Seite 6 Steckplatztabelle 69 Funktionstasten 71 Einstellungsbereich 72 Registerkarten „Log“ 73 Referenz zu den Dialogfeldern des Scan-Steuerungsprogramms Agilent Installationsqualifizierungswerkzeug 74 Dialogfeld „Export Scan Protocol“ 75 Dialogfeld „Export Scan Region“ 76 Dialogfeld „Input Barcode“ 76 Dialogfeld „Scan Protocol Editor“ 77 Dialogfeld „Scan Region Editor“ 82...
- Seite 7 Dialogfeld „Self Test“ 83 Dialogfeld „Settings“ – „General Settings“ 84 Dialogfeld „Settings“ – „Design To Protocol Mapping“ 85 Informationen über das Hinzufügen von Objektträgern Durchführen der Merkmalsextraktion bei gescannten Bildern SureScan-Scanner – Spezifikationen Objektträgerspezifikationen Scan-Maße 91 Glasspezifikationen 91 Spezifikationen zu Strichcode und Strichcodeetikett 91 Informationen zu rechtlichen Bestimmungen Benutzerhandbuch für das SureScan-System...
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Seite 8: Einführung
SureScan Microarray-Scannersystem Benutzerhandbuch Einführung Ein leistungsstarkes Gerät für Microarray-Analysen Systembeschreibung Arbeitsweise Auf der Computer-Arbeitsstation installierte Software Dieses Kapitel bietet eine allgemeine Einführung in das SureScan Microarray-Scannersystem. -
Seite 9: Ein Leistungsstarkes Gerät Für Microarray-Analysen
Ein leistungsstarkes Gerät für Microarray-Analysen Der SureScan-Scanner ist eine Komponente der SureScan-Systemlösung von Agilent Technologies. Der anspruchsvolle, laserinduzierte Fluoreszenzscanner wurde entwickelt, um Microarrays auszulesen, die auf Objektträgern der Standardgröße 1 Zoll 3 Zoll gedruckt sind. Der Scanner misst die Fluoreszenzintensität der markierten Probe von der an die Microarrays gebundenen Nukleinsäure (DNA und RNA). -
Seite 10: Systembeschreibung
über gespeicherte anwendungsspezifische Protokolle geladen oder manuell in der Steckplatztabelle konfiguriert werden. Teileliste Das G4900DA SureScan Microarray-Scannersystem besteht aus folgenden Komponenten: • G2600D SureScan-Scanner mit integrierter Kassette für 24 Objektträger • 24 Halter für Objektträger • Computer-Arbeitsstation mit Wiederherstellungssoftware auf CD •... -
Seite 11: Pc-Systemanforderungen
PC-Systemanforderungen Im Lieferumfang des SureScan Microarray-Scannersystem ist ein Computer enthalten, der nachfolgenden Anforderungen entspricht oder diese übertrifft. Agilent Technologies bietet ausschließlich Unterstützung für Computer, die mit dem SureScan-System geliefert werden. Software • Windows 7 Professional 64-Bit-Betriebssystem oder Windows 10 Pro 64-Bit-Betriebssystem Hardware •... -
Seite 12: Rückansicht Des Scanners
Stellen Sie sicher, dass in der Umgebung die „SureScan-Scanner – Spezifikationen“ auf Seite 89 aus Kapitel 6 erfüllt sind. Wenn Sie Fragen haben, wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs- und Supportcenter oder besuchen Sie uns auf www.agilent.com. Sicherheitsrichtlinien Der SureScan-Scanner ist auf Sicherheit und Benutzerfreundlichkeit ausgerichtet. Lesen und beachten Sie vor der Inbetriebnahme des SureScan-Scanners alle Warnungen und Hinweise. - Seite 13 Der SureScan-Scanner reagiert empfindlich auf kondensierende Luftfeuchtigkeit.Befolgen Sie VORSICHT die in der Produktdokumentation genannten Sicherheitsvorkehrungen.Weitere Informationen erhalten Sie unter „Tipps zur Vermeidung von Problemen“ auf Seite 51 in Kapitel 5, und Spezifikationen zur relativen Luftfeuchtigkeit finden Sie auf Seite 89 in Kapitel 6.
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Seite 14: Arbeitsweise
Arbeitsweise In diesem Abschnitt werden die Betriebsfunktionen des SureScan-Scanners beschrieben. Positionierung der Objektträger Der SureScan-Scanner kann in einer nicht herausnehmbaren Kassette bis zu 24 Objektträger der Größe 1 Zoll 3 Zoll aufnehmen. Während eines Scan-Vorgangs werden die Objektträger nacheinander in die Position zum Scannen gebracht, gescannt und dann zurück in die Kassette befördert. -
Seite 15: Auf Der Computer-Arbeitsstation Installierte Software
Bilder zu prüfen und Funktionen für die Merkmalsextraktion zu konfigurieren. Software für das Agilent Installationsqualifizierungswerkzeug – stellt sicher, dass das Scan-Steuerungsprogramm ordnungsgemäß installiert und nach der Installation nicht beschädigt wurde. Generiert einen Bericht zur Installationsqualifizierung. -
Seite 16: Erste Schritte
SureScan Microarray-Scannersystem Benutzerhandbuch Erste Schritte Bedienen des Scanners Schritt 1. Schalten Sie den SureScan-Scanner ein und starten Sie das Scan-Steuerungsprogramm. Schritt 2. Einlegen der Objektträger in die Halter Schritt 3. Laden der Objektträger in die Kassette Schritt 4. Festlegen oder Ändern von Einstellungen des Scan-Protokolls Schritt 5. -
Seite 17: Bedienen Des Scanners
3 Doppelklicken Sie auf das Symbol Agilent Microarray Scan Control, um das Scan-Steuerungsprogramm zu starten. Oder Klicken Sie auf Start > Alle Programme > Agilent > Agilent Microarray Scan Control. Abbildung 4 Symbol „Agilent Microarray Scan Control“ Beim Programmstart wird das Hauptfenster des Agilent Microarray-Scan- Steuerungsprogramms geöffnet und der Scanner führt seine Initialisierungssequenz aus. - Seite 18 Weitere Informationen zum Fenster des Scan-Steuerungsprogramms siehe „Referenz zum Scan-Steuerungsprogrammfenster“ auf Seite 66. Abbildung 5 Fenster des Agilent Microarray-Scan-Steuerungsprogramms – bereit zum Hinzufügen von Objektträgern Der Status des Scanners wird in der unteren rechten Ecke des Scan-Steuerungsfensters in der Statusleiste angezeigt. Initialize Der Scanner wird initialisiert.
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Seite 19: Schritt 2. Einlegen Der Objektträger In Die Halter
Sie können erst dann einen Scan starten, wenn beide Laser aufgewärmt sind, ANM E RK UNG sich mindestens ein Objektträger in der Warteschlange befindet und der Scannerstatus Ready ist. Schritt 2. Einlegen der Objektträger in die Halter Fingerabdrücke führen zu Fehlern bei der Fluoreszenzdetektion. Für genaue ANM E RK UNG Ergebnisse fassen Sie die Objektträger nur an den Kanten an und arbeiten Sie bei der Handhabung der Objektträger stets mit Handschuhen. - Seite 20 Anweisungen zum Entfernen der Objektträger siehe „Schritt 7. Entfernen der Objektträger“ Seite 24. Agilent Objektträger verfügen über zwei Strichcodes, einem auf jeder Seite des Glases. Siehe Abbildung 10. Normalerweise weisen Nicht-Agilent Objektträger nur einen Strichcode auf. Achten Sie sowohl bei Agilent als auch Nicht-Agilent Objektträgern darauf, dass die aktive Microarray-Seite des Objektträgers zur Abdeckung des Halters hin weist.
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Seite 21: Schritt 3. Laden Der Objektträger In Die Kassette
Ein nicht ordnungsgemäß eingelegter Objektträger kann zu Beschädigungen VORSICHT am Scanner führen. Beispiel eines Objektträgers mit zwei Strichcodes Inaktive Glasoberfläche SEITE 1 Aktive Aktive SEITE 2 Microarray- Microarray- Oberfläche Oberfläche Abbildung 10 Ausrichtung des Objektträgers Schritt 3. Laden der Objektträger in die Kassette Wenn die Objektträger ordnungsgemäß... - Seite 22 1 Klicken Sie im Scan-Steuerungsprogrammfenster auf Open Door, um die Scannertür zu öffnen. Die richtige Methode zum Öffnen der Scannertür ist die Verwendung der VORSICHT Schaltfläche „Open Door“ im Scan-Steuerungsprogramm. Versuchen Sie nicht, die Tür manuell zu öffnen. 2 Greifen Sie den Objektträgerhalter am Griffpunkt. Der Pfeil an der Oberseite des Objektträgerhalters weist nach links, wenn Sie den Objektträgerhalter richtig greifen.
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Seite 23: Schritt 4. Festlegen Oder Ändern Von Einstellungen Des Scan-Protokolls
• Der Standard-Ausgabeordner wird verwendet. • Objektträgern, deren Konstruktion ein Scan-Protokoll zugeordnet ist, wird das Scan-Protokoll in der Steckplatztabelle zugewiesen, und der Steckplatzstatus wechselt zu Ready for queue. Für Objektträger, deren Konstruktion kein Scan-Protokoll zugeordnet ist, bleibt das Scan-Protokoll leer und der Steckplatzstatus „Present“. -
Seite 24: Schritt 6. Scannen Der Objektträger
2 Nehmen Sie die Objektträgerhalter aus der Kassette. 3 Nehmen Sie die Objektträger wie folgt aus den Objektträgerhaltern: a Halten Sie den Objektträgerhalter an den Seiten mit dem Agilent Logo nach oben. b Drücken Sie das mit der Nase versehene Ende der klaren Kunststoffabdeckung sanft nach innen und ziehen Sie es zum Öffnen nach oben. -
Seite 25: Informationen Zu Scan-Protokollen
Ein Scan-Protokoll ist eine Zusammenstellung von Scan- und Bildeinstellungen, die bei Auswahl beim Scannen auf den Objektträger angewandt werden. Agilent liefert acht vorkonfigurierte Protokolle, die Ihnen zur Auswahl und Verwendung mit Agilent High-Density (HD)-Microarrays, Agilent G3 Microarrays und Nicht-Agilent Microarrays zur Verfügung stehen. -
Seite 26: Offline-Modus
Offline-Modus Wenn kein Gerät verfügbar ist, wird das Scan-Steuerungsprogramm im „Offline-Modus“ ausgeführt. In diesem Modus können Sie Scan-Protokolle und Scan-Bereiche erstellen, importieren und exportieren. Sie können auch Log-Dateien öffnen, aktuelle Fehler anzeigen, allgemeine Einstellungen festlegen und Scan-Protokolle Konstruktions-IDs zuordnen. Benutzerhandbuch für das SureScan-System... -
Seite 27: Ausschalten Des Surescan-Scanners
Ausschalten des SureScan-Scanners 1 Vergewissern Sie sich im Scan-Steuerungsprogrammfenster, dass der Scanner keinen Objektträger scannt, auswirft oder lädt. 2 Klicken Sie auf Open Door, um die Scannertür zu öffnen. 3 Nehmen Sie die Objektträgerhalter aus der Scannerkassette. 4 Nehmen Sie die Objektträger aus den Objektträgerhaltern. 5 Klicken Sie auf Close Door. -
Seite 28: Verwenden Des Scan-Steuerungsprogramms
SureScan Microarray-Scannersystem Benutzerhandbuch Verwenden des Scan-Steuerungsprogramms Verwenden der Steckplatztabelle So ändern Sie eine Objektträger-ID So erstellen oder ändern Sie Scan-Protokolle So ändern Sie den Ausgabeordner für Scan-Vorgänge So wählen Sie mehrere Objektträger aus So fügen Sie Objektträger zur Scan-Warteschlange hinzu So fügen Sie alle Objektträger zur Warteschlange hinzu So verschieben Sie Objektträger in der Warteschlange So entfernen Sie einen Objektträger aus der Scan-Warteschlange... -
Seite 29: Verwenden Der Steckplatztabelle
Verwenden der Steckplatztabelle Die Steckplatztabelle bietet eine Anzeige der Kassette und deren Inhalt. Nachdem Sie Objektträger in die Kassette geladen und die Tür geschlossen haben, liest die Scan-Steuerungssoftware die Strichcodes der einzelnen Objektträger und zeigt diese als Objektträger-ID in der Steckplatztabelle an. -
Seite 30: So Ändern Sie Den Ausgabeordner Für Scan-Vorgänge
So ändern Sie den Ausgabeordner für Scan-Vorgänge Im Ausgabeordner werden die gescannten Bilddateien für einen Objektträger gespeichert. Der Ausgabeordner ist standardmäßig D:\ScanData. 1 Klicken Sie in der Steckplatztabelle für einen Objektträger auf die Zelle „Output Folder“. 2 Klicken Sie auf Symbol zum Durchsuchen. Das Dialogfeld „Browse For Folder“... -
Seite 31: So Verschieben Sie Objektträger In Der Warteschlange
2 Klicken Sie auf Yes. Alle Objektträger in der Steckplatztabelle mit dem Status Ready for queue werden in der Reihenfolge zur Warteschlange hinzugefügt, in der sie in der Steckplatztabelle aufgeführt sind. So verschieben Sie Objektträger in der Warteschlange 1 Klicken Sie für den Objektträger, den Sie verschieben möchten, in der Steckplatztabelle auf die Zelle „State“. -
Seite 32: So Schließen Sie Die Scannertür
So schließen Sie die Scannertür • Klicken Sie im Hauptfenster des Scan-Steuerungsprogramms auf Close Door. Die Tür muss vor dem Starten eines Scan-Vorgangs geschlossen werden. ANM E RK UNG Nach dem Start des Scan-Vorgangs kann die Tür geöffnet und Objektträger hinzugefügt oder entfernt werden. -
Seite 33: Ändern Von Scan-Einstellungen Für Objektträger
Ändern von Scan-Einstellungen für Objektträger Wenn Sie einen Objektträger in der Steckplatztabelle im Hauptfenster des Scan-Steuerungsprogramms auswählen, werden die Scan-Einstellungen für diesen Objektträger im Einstellungsbereich auf der rechten Seite des Fensters angezeigt. Siehe „Referenz zum Scan-Steuerungsprogrammfenster“ Seite 66. Die angezeigten Werte werden im für diesen Objektträger ausgewählten Scan-Protokoll definiert. -
Seite 34: So Fügen Sie Eine Beschreibung Für Einen Objektträger Hinzu
3 Klicken Sie im Bereich „Scan Settings“ auf den Pfeil neben der Einstellung, die Sie ändern möchten, und wählen Sie eine neue Einstellung aus. Wenn Sie eine Einstellung manuell ändern, wechselt der Status des Scan-Protokolls für die ausgewählten Objektträger zu <Customized>. 4 Fügen Sie nach dem Durchführen der Änderungen die Objektträger zur Warteschlange hinzu. -
Seite 35: Verwenden Von Scan-Steuerungswerkzeugen
SureScan Microarray-Scannersystem Benutzerhandbuch Verwenden von Scan-Steuerungswerkzeugen Erstellen und Ändern von Scan-Protokollen Erstellen und Ändern von Scan-Bereichen Hinzufügen eines Strichcodes Manuelles Anschalten von Lasern Werkzeuge zur Fehlerbehebung Festlegen von Scannerstandards Zuordnen von Scan-Protokollen zu Konstruktionen Das Menü „Tools“ im Scan-Steuerungsprogramm bietet allgemeine Einstellungen und Funktionen, die Sie bei der Fehlerbehebung unterstützen. -
Seite 36: Erstellen Und Ändern Von Scan-Protokollen
Erstellen und Ändern von Scan-Protokollen Das Scan-Steuerungsprogramm verfügt über einen standardmäßigen Satz an Scan-Protokollen, die für den Einsatz mit gängigen Agilent Microarray-Objektträgerkonstruktionen konzipiert sind. Siehe „Informationen zu Scan-Protokollen“ auf Seite 25. So erstellen Sie ein Scan-Protokoll Sie können aus einem beliebigen vorhandenen Profil ein Protokoll erstellen, indem Sie das vorhandene Protokoll unter einem neuen Namen speichern. -
Seite 37: So Exportieren Sie Ein Scan-Protokoll
So exportieren Sie ein Scan-Protokoll Als Sicherung oder für den Import in ein anderes SureScan Microarray-Scannersystem können Sie ein oder mehrere Protokolle in eine Datei auf der Festplatte exportieren. 1 Wählen Sie Tools > Scan Protocol Editor. Das Dialogfeld „Scan Protocol Editor“ wird geöffnet. 2 Klicken Sie auf Export. -
Seite 38: So Entfernen Sie Ein Scan-Protokoll
So entfernen Sie ein Scan-Protokoll Sie können keine standardmäßigen Scan-Protokolle oder Scan-Protokolle, die ANM E RK UNG aktuell einem Objektträger in der Steckplatztabelle zugewiesen sind, entfernen. 1 Wählen Sie Tools > Scan Protocol Editor. Das Dialogfeld „Scan Protocol Editor“ wird geöffnet. 2 Wählen Sie in der Liste „Scan Protocol“... -
Seite 39: Erstellen Und Ändern Von Scan-Bereichen
Ändern eines bestehenden Scan-Bereichs für Nicht-Agilent Objektträger Sie können nur die von Ihnen erstellten Scan-Bereiche ändern. Sie können die von Agilent bereitgestellten Regionen nicht ändern oder entfernen. Achten Sie beim Erstellen eines Scan-Bereichs oder bei der Verwendung vorhandener Scan-Bereiche darauf, dass der Scan-Bereich mindestens 4 mm vom Strichcodeetikett entfernt ist. -
Seite 40: So Exportieren Sie Einen Scan-Bereich
3 Bei Bedarf können Sie die Maße für den Bereich ändern. Weitere Informationen zu den Einstellungen siehe „Dialogfeld „Scan Region Editor““ auf Seite 82. 4 Klicken Sie auf Save, um alle Änderungen für den ausgewählten Scan-Bereich zu speichern. So exportieren Sie einen Scan-Bereich 1 Klicken Sie in der Menüleiste des Scan-Steuerungsprogramms auf Tools >... -
Seite 41: So Entfernen Sie Einen Scan-Bereich
So entfernen Sie einen Scan-Bereich Standardmäßige Scan-Bereiche oder Scan-Bereiche, die aktuell in einem ANM E RK UNG Scan-Protokoll verwendet werden, können nicht gelöscht werden. 1 Wählen Sie Tools > Scan Region Editor aus. Das Dialogfeld „Scan Region Editor“ wird geöffnet. 2 Wählen Sie in der Liste „Scan Region“... -
Seite 42: Hinzufügen Eines Strichcodes
Hinzufügen eines Strichcodes Microarray-Objektträger werden sowohl physisch als auch innerhalb des Scan-Steuerungsprogramms anhand von Strichcodes identifiziert. Zudem wird der Strichcode in den Metadaten der TIFF-Bilddatei gespeichert und in Merkmalsextraktionsberichten angezeigt. Standardmäßig liest der Scanner den Strichcode eines Objektträgers und zeigt ANM E RK UNG diesen als Objektträger-ID in der Scan-Tabelle des Scan-Steuerungsprogramms an. -
Seite 43: Manuelles Anschalten Von Lasern
Manuelles Anschalten von Lasern Die Laser werden automatisch eingeschaltet, wenn Sie das Scan-Steuerungsprogramm starten oder wenn Sie Objektträger aus der Warteschlange hinzufügen. Basierend auf den „Laser Saver Delay“-Einstellungen werden sie automatisch ausgeschaltet. Siehe „So legen Sie die Laserschonerverzögerung fest“ auf Seite 46. Dieser Abschnitt beschreibt, wie Sie Laser manuell einschalten. -
Seite 44: Werkzeuge Zur Fehlerbehebung
„Snapshot“ des aktuellen Gerätestatus enthält. Die in diesem Abschnitt beschriebenen Werkzeuge zur Fehlerbehebung werden ANM E RK UNG in der Regel verwendet, wenn Sie mit einem Supporttechniker von Agilent zusammenarbeiten. So zeigen Sie derzeit auftretende Fehler an •... -
Seite 45: So Setzen Sie Warnhinweise Zur Kalibrierung Zurück
Laserleistung kompensiert wird. Ist die nächste Kalibrierung auch nicht erfolgreich und werden die Warnungen erneut angezeigt, wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs- und Supportcenter. So setzen Sie Warnhinweise zur Kalibrierung zurück: • Klicken Sie in der Menüleiste des Scan-Steuerungsprogramms auf Tools > Reset Calibration Warnings. -
Seite 46: Festlegen Von Scannerstandards
Festlegen von Scannerstandards So legen Sie den standardmäßigen Ordner für Scan-Daten fest Beim Speicherort handelt es sich um den standardmäßigen Ausgabeordner, in dem die vom Scanner generierten Bilddateien abgelegt werden. Diese Datei wird in der Steckplatztabelle standardmäßig als „Output Folder“ angezeigt. Sie können den Ausgabeordner für einen Scan-Vorgang manuell ändern, bevor dieser der Warteschlange hinzugefügt wird. -
Seite 47: So Legen Sie Den Speicherort Für Das Merkmalsextraktionsprogramm Fest
2 Klicken Sie auf Browse und navigieren Sie zu dem Ordner, in dem das Merkmalsextraktionsprogramm installiert ist, wählen Sie FENoWindows.exe und klicken Sie anschließend auf OK. Standardmäßig lautet dieser Speicherort C:\Program Files (x86)\Agilent\MicroArray\ FeatureExtraction\FeNoWindows.exe. 3 Klicken Sie auf Save. So legen Sie die Ausführung des Merkmalsextraktionsprogramm nach einem Scan-Vorgang fest Das Merkmalsextraktionsprogramm kann automatisch am Ende eines Scan-Vorgangs ausgeführt... -
Seite 48: Zuordnen Von Scan-Protokollen Zu Konstruktionen
2 Klicken Sie auf die Registerkarte „Design to Protocol Mapping“. 3 Geben Sie unter Design ID die Konstruktions-ID-Nummer für die Konstruktion ein, die Sie dem Scan-Protokoll zuweisen möchten. Die Konstruktions-ID wird durch den Agilent Objektträgerstrichcode festgelegt. Alle Strichcodes beginnen mit 25. Die nächsten fünf Ziffern stehen für die Konstruktions-ID. -
Seite 49: Wartung Und Fehlerbehebung Im System
SureScan Microarray-Scannersystem Benutzerhandbuch Wartung und Fehlerbehebung im System Wartung Ihres Systems Regelmäßige Softwarewartung Regelmäßige Hardwarewartung Tipps zur Vermeidung von Problemen Fehlerbehebung in Ihrem System Technischer Support Häufig gestellte Fragen (FAQs) Fehlerbehebung bei der Hardware Fehlerbehebung bei der Software System-Fehlermeldungen Aktualisieren der Scannerfirmware und des Scan-Steuerungsprogramms So prüfen Sie, ob ein Update verfügbar ist So aktualisieren Sie das Scan-Steuerungsprogramm und die Firmware So überprüfen Sie die Softwareinstallation... -
Seite 50: Wartung Ihres Systems
Mit der richtigen Pflege und Wartung können Sie den fehlerfreien Betrieb Ihres SureScan Microarray-Scannersystem gewährleisten. Wenden Sie sich bei Fragen zur Verwendung oder Pflege des SureScan-Scanners an Ihr Agilent Vertriebs- und Supportcenter. Regelmäßige Softwarewartung Die Ausführung dieser Aufgaben trägt zur Sicherstellung der Leistung Ihrer Computer-Arbeitsstation und des Betriebssystems bei: •... -
Seite 51: Tipps Zur Vermeidung Von Problemen
• Vermeiden Sie es, den Scanner umzustellen. Wenn Sie den Scanner umstellen müssen, kann dies die Leistung nachhaltig beeinträchtigen. Hilfreiche Informationen zum Umstellen des Scanners erhalten Sie von Ihrem Agilent Vertriebs- und Supportcenter. • Stellen Sie den Scanner auf einen stabilen Labortisch. -
Seite 52: Fehlerbehebung In Ihrem System
Weitere Informationen zu Problemen mit der Computer-Arbeitsstation finden Sie in der mit dem Computer gelieferten Dokumentation. Wenn Sie das Problem immer noch nicht lösen können, wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs- und Supportcenter oder klicken Sie auf Help > Online Support. -
Seite 53: Suche Nach Versionsinformationen Für Die Scannersoftware
Microarray-Scanners erhalten Sie von Ihrem Agilent Vertriebs- und Supportcenter. Kann ich Dateien während des Agilent empfiehlt, dass Sie Ihre Datendateien direkt auf die lokale Festplatte speichern. Scannens über das Netzwerk sichern? Sie können Datendateien auch in einem Netzwerkordner speichern. Wird während des Scannens ein Problem beim Netzwerkzugriff festgestellt, werden die Daten in einem temporären lokalen Ordner gespeichert und ein Warnhinweis wird im Scan-Protokoll... -
Seite 54: Fehlerbehebung Bei Der Hardware
Benutzer gewartet werden können. Die Statusanzeige an der Vorderseite des Scanners zeigt mögliche Probleme an. Außerdem können Sie die Sicherungen austauschen, die das System schützen. Bei anderen Problemen, einschließlich Staus, wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs- und Supportcenter. Weitere Informationen zu Problemen mit der Computer-Arbeitsstation finden Sie unter „Support... -
Seite 55: Fehlerbehebung Bei Der Software
Fehlerbehebung bei der Software Falls Ihr Computer abstürzt oder Sie das von Agilent mit dem Computer gelieferte Image der Festplatte neu laden möchten, finden Sie im Lieferumfang von Agilent eine Wiederherstellungs-CD, mit der Sie die Festplatte erneut abbilden können. -
Seite 56: Speicherorte Der Dateien
Programm folgende Aktionen aus: • Eintragen einer Fehlermeldung im Statusprotokoll • Löschen des unter Tools > Settings eingestellten Ordners „Default Scan Data Folder“ • Einstellen von „Output Folder“ in der Steckplatztabelle auf C:\ProgramData\Agilent\ MicroArrayScanner\Temp System-Fehlermeldungen In diesem Abschnitt wird erläutert, wie Sie mit vom SureScan Microarray-Scannersystem erzeugten Fehlermeldungen und Fehlerprotokollen umgehen. -
Seite 57: Fehlerbehebung Bei Fehlermeldungen
Sie die Anweisungen. Die folgende Tabelle führt einige der in Dialogfeldern angezeigten Fehlermeldungen mit Beschreibungen und empfohlenen Maßnahmen auf. Falls ein Problem weiterhin besteht, obwohl Sie die empfohlene Maßnahme durchgeführt haben, kontaktieren Sie den technischen Agilent Support. Tabelle 3 Fehlermeldungen in Dialogfeldern Fehlermeldung Beschreibung und empfohlene Maßnahme... - Seite 58 Schließen Sie das Scan-Steuerungsprogramm und starten Sie es neu. Falls das fehlgeschlagen: {*} Problem weiterhin besteht, installieren Sie das Scan-Steuerungsprogramm neu. Aktualisieren der Firmware Die Aktualisierung der Gerätefirmware ist fehlgeschlagen. fehlgeschlagen. {*} Kontaktieren Sie den technischen Agilent Support. Diese Informationen werden beim Erzeugen der Meldung hinzugefügt. Benutzerhandbuch für das SureScan-System...
- Seite 59 Überprüfen Sie, ob das Merkmalsextraktionsprogramm ordnungsgemäß installiert ist. Gehäuselüfterfehler festgestellt: Hardwareproblem – kontaktieren Sie den technischen Agilent Support. Betrieb des Instruments angehalten Gehäuselüfterwarnung behoben: Hardwareproblem – kontaktieren Sie den technischen Agilent Support. Betrieb des Instruments wird fortgesetzt Gehäuselüfterwarnung festgestellt:...
- Seite 60 Informationen zu erhalten. Versuchen Sie, den Scanner und das Scan-Steuerungsprogramm neu zu starten. Falls das Problem weiterhin besteht, kontaktieren Sie den technischen Agilent Support. Status-Maschinenfehler {*} Low-Level-Fehler der Software. Kontaktieren Sie den technischen Agilent Support. Status-Kommunikationsfehler Überprüfen Sie die Verbindung zum Gerät. Autoloader-Betrieb wird aufgrund von Klicken Sie auf Tools >...
- Seite 61 Starten Sie die Computer-Arbeitsstation neu. b Schalten Sie den Scanner aus und anschließend wieder ein. c Starten Sie das Scan-Steuerungsprogramm neu. 4 Löst Schritt 3 das Problem nicht, wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs- und Supportcenter. Benutzerhandbuch für das SureScan-System...
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Seite 62: Verwenden Der Diagnoseanzeige
Öffnen der Abdeckung fassen Sie die Griffpunkte an den Seiten der Abdeckung und ziehen die Abdeckung nach vorne. Sie sehen die Diagnoseanzeige und einen Vierwege-Steuerungsschalter. Betätigen Sie den Schalter der Diagnoseanzeige nach Anweisung des ANM E RK UNG technischen Supports von Agilent. Griffpunkte Vierwege-Steuerungsschalter Obere Frontabdeckung... -
Seite 63: Aktualisieren Der Scannerfirmware Und Des Scan-Steuerungsprogramms
So aktualisieren Sie das Scan-Steuerungsprogramm und die Firmware 1 Klicken Sie im Hauptfenster des Scan-Steuerungsprogramms auf Help > Scanner Home Page. Die Webseite „Agilent Technologies Genomics – High Resolution Scanner Overview“ wird geöffnet. 2 Klicken Sie auf der Webseite auf Download Software. -
Seite 64: So Überprüfen Sie Die Softwareinstallation
Installationsqualifizierungswerkzeug (IQT). Verwenden Sie dieses Programm nach der Aktualisierung der Software, um die korrekte Installation des Updates zu überprüfen. 1 Klicken Sie auf Start > All Programs > Agilent Technologies > Installation Qualification Tool. Abbildung 16 Dialogfeld „Agilent Installation Qualification Tool“... -
Seite 65: Referenz
SureScan Microarray-Scannersystem Benutzerhandbuch Referenz Referenz zum Scan-Steuerungsprogrammfenster Referenz zu den Dialogfeldern des Scan-Steuerungsprogramms Informationen über das Hinzufügen von Objektträgern Durchführen der Merkmalsextraktion bei gescannten Bildern SureScan-Scanner – Spezifikationen Objektträgerspezifikationen Informationen zu rechtlichen Bestimmungen In diesem Kapitel werden die Fenster und Dialogfelder des Microarray-Scan-Steuerungsprogramms beschrieben. -
Seite 66: Referenz Zum Scan-Steuerungsprogrammfenster
Steckplatz-Statusanzeigen Steckplatztabelle Funktionstasten Protokolle Statusanzeige für Statusleiste Status Abbildung 17 Hauptfenster des Agilent Microarray-Scan-Steuerungsprogramms Das Microarray-Scan-Steuerungsprogrammfenster wird angezeigt, wenn Sie das Microarray-Scan-Steuerungsprogramm starten. Es umfasst folgende Merkmale: Tabelle 5 Merkmale des Scan-Steuerungsfensters Merkmal Beschreibung Menüleiste Öffnen des Werkzeugmenüs und der Hilfe. -
Seite 67: Menü „Tools
Tabelle 5 Merkmale des Scan-Steuerungsfensters Merkmal Beschreibung Einstellungsbereich Anzeigen von Einstellungen für den ausgewählten Objektträger. Für nicht in der Warteschlange enthaltene Objektträger können Sie die Einstellungen hier ändern. Steckplatz- Zeigt den Status des Steckplatzes an. Entspricht der Steckplatz-Statusanzeige Statusanzeigen auf der Kassette. Funktionstasten •... -
Seite 68: Menü „Help
Öffnet dieses Handbuch in Adobe Reader. Scanner-Startseite Öffnet die Agilent Technologies-Website für den SureScan Microarray-Scannersystem in Ihrem Webbrowser. Online Support Öffnet die Webseite des technischen Supports von Agilent Technologies, auf der Sie Supportinformationen für Ihren Scanner finden. Über Agilent Scansteuerung Zeigt Versionsinformationen für das Scan-Steuerungsprogramm sowie die Seriennummer und das Modell Ihres Scanners an. -
Seite 69: Steckplatztabelle
Steckplatztabelle Abbildung 20 Steckplatztabelle des Scan-Steuerungsprogramms Bei der Steckplatztabelle handelt es sich um eine virtuelle Darstellung des Inhalts Ihrer Scannerkassette. Sie wird verwendet, um Scan-Vorgänge einzurichten, zu starten bzw. zu beenden und ihren Fortschritt zu überwachen. Steckplatz-Sta Zahlen links neben der Steckplatztabelle entsprechen der Steckplatz-Statusanzeige auf der tusanzeige Kassette. - Seite 70 Tabelle 8 Steckplatz-Statusangaben und Anzeigen (continued) Steckplatz-Statusanzeige Status Bedeutung Durchgängig blau In queue x Der Objektträger befindet sich in der Scan-Warteschlange in Position x, wobei x für die Reihenfolge steht, in der die Objektträger gescannt werden. Blinkt grün Scanning (x%) Der Objektträger wird gerade gescannt, wobei x% auf den bereits abgeschlossenen Teil des Scan-Vorgangs in Prozent hinweist.
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Seite 71: Funktionstasten
Tools > Settings ändern. Sie können den Ausgabeordner für einen Objektträger ändern, bevor dieser der Warteschlange hinzugefügt wird. Über die Schaltfläche „Browse“ können Sie zum Speichern der Daten aus jedem Scan-Vorgang einen Ordner auswählen. Agilent empfiehlt, dass die Daten in einem lokalen Ordner auf einer zweiten Festplatte erfasst werden. Darüber hinaus können Sie auch einen Netzwerkordner auswählen. -
Seite 72: Einstellungsbereich
Einstellungsbereich Abbildung 21 Scan-Steuerung – Einstellungsbereich Im Einstellungsbereich können Sie einzelne Einstellungen für einen ausgewählten Objektträger ändern. Zum Ändern der Einstellung darf sich der Objektträger nicht in der Scan-Warteschlange befinden. Weitere Informationen zu den in dieser Tabelle verfügbaren Einstellungen finden Sie unter „Dialogfeld „Scan Protocol Editor““... -
Seite 73: Registerkarten „Log
Registerkarten „Log“ Die Software dokumentiert den Geräte- und Scan-Status in Log-Dateien, die im Ordner „C:\ProgramData\Agilent\MicroArrayScanner\Logs“ gespeichert werden. Diese Protokolle werden auch in den Protokollregistern im unteren Bereich des Scan-Steuerungsprogrammfensters angezeigt. Registerkarte „Status Log“ Abbildung 22 Registerkarte „Status Log“ Zeigt Informationen über den Status des Geräts an. -
Seite 74: Referenz Zu Den Dialogfeldern Des Scan-Steuerungsprogramms
Ist diese Option ausgewählt, wird der Qualifikationsbericht in Ihrem Webbrowser geöffnet, sobald after die Installationsqualifizierung beendet ist. qualification Products to be Zeigt eine Liste von Agilent Softwareprodukten an, die Sie mit dem Werkzeug qualifizieren können. qualified Qualify Startet die Qualifizierung der Installation für das ausgewählte Produkt. Re-Qualify Wird nach der Installationsqualifizierung angezeigt. -
Seite 75: Dialogfeld „Export Scan Protocol
Dialogfeld „Export Scan Protocol“ Abbildung 25 Dialogfeld „Export Scan Protocol“ Zweck: Ermöglicht Ihnen die Auswahl verfügbarer Scan-Protokolle für den Export. Öffnen: Klicken Sie im Dialogfeld „Scan Protocol Editor“ auf Export. Export Wenn eines oder mehrere Scan-Protokolle ausgewählt sind, öffnet dieser Befehl das Dialogfeld „Save As“, in dem Sie den Speicherort und den Dateinamen der exportierten Protokolldatei auswählen können. -
Seite 76: Dialogfeld „Export Scan Region
Dialogfeld „Export Scan Region“ Abbildung 26 Dialogfeld „Export Scan Region“ Zweck: Zeigt verfügbare Scan-Bereiche an, die Sie für den Export auswählen können. Öffnen: Klicken Sie im Dialogfeld „Scan Regions Editor“ auf Export. Export Wenn ein oder mehrere Scan-Bereiche ausgewählt sind, öffnet dieser Befehl das Dialogfeld „Save As“. -
Seite 77: Dialogfeld „Scan Protocol Editor
Öffnen: Klicken Sie im Scan-Steuerungsprogrammfenster auf Tools > Scan Protocol Editor. Scan Protocol Zeigt eine Liste verfügbarer Scan-Protokolle an. Die Einstellungen für das ausgewählte Scan-Protokoll werden im Dialogfeld „Scan Protocol Editor“ angezeigt. General Agilent Ein von Agilent bereitgestelltes Protokoll. Defined Benutzerhandbuch für das SureScan-System... -
Seite 78: Scan Settings
Autofokus-Funktion des Scanners nicht beeinträchtigt wird. Eine Minimierung des Scan-Bereichs verringert außerdem die Scan-Zeit und spart Speicherplatz. Agilent stellt einen Scan-Bereich zur Verfügung, der den Anforderungen aller Agilent High-Density- und G3-Objektträger entspricht, und einen weiteren, der den Anforderungen für Scan-Vorgänge von ganzen Objektträgern der Größe 76 mm x 26 mm ohne Strichcodeetikett entspricht. - Seite 79 Der PMT ermittelt die von dem Microarray abgesonderte Fluoreszenz. Das Standardausgangssignal (100%) setzt die Verstärkung auf das werkseitig kalibrierte Signal; Green PMT diese Einstellung wird für Agilent Microarrays empfohlen. Die jeweiligen Farbkanaleinstellungen Sensitivity (%) können voneinander unabhängig auf bis zu 1 % reduziert werden.
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Seite 80: Image Settings
Die Option „Red PMT Gain“ bzw. „Green PMT Gain“ legt die hohe Empfindlichkeit fest. Die XDR-Funktion wird bei Werten unter 10 % automatisch deaktiviert. Die Einstellung des XDR-Verhältnisses weist den Scanner an, einen zweiten Scan-Vorgang mit niedrigeren PMT-Einstellungen durchzuführen. Sind die PMTs für Rot und Grün beispielsweise auf 100 % gesetzt und ist das XDR-Verhältnis auf 0,1 festgelegt, wird der zweite Scan-Vorgang mit 10 % für die PMTs durchgeführt. - Seite 81 Scan-Dateien werden nach den folgenden Regeln benannt. Bei Standard-Scan-Vorgängen verwendet das Scan-Steuerungsprogramm bis zu drei benutzerdefinierte Namenspräfixe für die Zusammenstellung des Dateinamens. Diese Präfixe werden im Scan-Protokoll definiert. Field1_Field2_Field3_ScanNumber.tif Für XDR-Scan-Vorgänge wird dem Dateinamen ein zusätzliches Segment (_H oder _L) hinzugefügt, um XDR-Hi-Bilder von XDR-Lo-Bildern zu unterscheiden: Field1_Field2_Field3_ScanNumber_H.tif Field1_Field2_Field3_ScanNumber_L.tif Über das Scan-Steuerungsprogramm wird die Scan-Nummer automatisch zugewiesen.
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Seite 82: Dialogfeld „Scan Region Editor
Zweck: Ermöglicht Ihnen das Einstellen oder Definieren des Objektträgerbereichs, der gescannt wird. Öffnen: Klicken Sie in der Menüleiste des Scan-Steuerungsprogramms auf Tools > Scan Region Editor. General Agilent Ein von Agilent bereitgestelltes Protokoll. Defined Locked Ist ein Protokoll gesperrt, kann es nicht geändert werden. -
Seite 83: Dialogfeld „Self Test
Strichcodeetiketten und „Full Standard“ für Objektträger ohne Strichcodeetiketten. Save Speichert die aktuellen Scan-Bereichswerte im Scan-Bereich des aktuellen Objektträgers. Diese Schaltfläche ist nicht verfügbar, wenn es sich bei dem Scan-Bereich um einen von Agilent definierten Scan-Bereich handelt oder wenn er in einem bestehenden Scan-Protokoll verwendet wird. Save As Öffnet das Dialogfeld „Save As New Name“, in dem Sie den aktuellen Scan-Bereich unter einem... -
Seite 84: Dialogfeld „Settings" - „General Settings
Start/Stop Startet oder beendet den Selbsttest. Show Last Wenn mehrere Selbsttests ausgeführt wurden, ohne dieses Dialogfeld zu schließen, öffnet dieser Results Befehl die Ergebnisse in Ihrem Webbrowser. Close Schließt das Dialogfeld „Self Test“ und initialisiert den Scanner neu. Dialogfeld „Settings“ – „General Settings“ Abbildung 32 Dialogfeld „Settings“... -
Seite 85: Dialogfeld „Settings" - „Design To Protocol Mapping
Sie anschließend auf Design To Protocol Mapping. Design ID Für Agilent Microarray-Objektträger können Sie die Konstruktions-ID über den Strichcode ermitteln. Alle Strichcodes beginnen mit 25; die nächsten fünf Ziffern stehen für die Konstruktions-ID. Beispiel: Die Konstruktions-ID für den Strichcode 251727810298 lautet 17278. - Seite 86 Scan Protocol Das der Konstruktions-ID zugewiesene Scan-Protokoll. Dieses Scan-Protokoll wird in der Steckplatztabelle automatisch zugewiesen, sobald der Scanner einen Objektträger mit der verknüpften Konstruktions-ID erkennt. Description Ein Bereich, in dem Sie Informationen über das zugeordnete Scan-Protokoll eingeben können. Benutzerhandbuch für das SureScan-System...
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Seite 87: Informationen Über Das Hinzufügen Von Objektträgern
Informationen über das Hinzufügen von Objektträgern Sie können dem Scanner selbst während des Scan-Vorgangs Objektträger hinzufügen. Beachten Sie beim Hinzufügen von Objektträgern zum Scanner die folgenden Richtlinien. • Sie können Objektträger (in Haltern) der Kassette auch während des Scan-Vorgangs hinzufügen. Solange ein Objektträger aktiv geladen oder entladen wird, kann die Tür nicht geöffnet werden. -
Seite 88: Durchführen Der Merkmalsextraktion Bei Gescannten Bildern
Bilder aus. Informationen zur Verwendung des Merkmalsextraktionsprogramms finden Sie in der Dokumentation, die dem Programm beiliegt. • Um Agilent CytoGenomics zum Extrahieren der Bildmerkmale zu verwenden, stellen Sie den Ausgabeordner auf den TIFF-Bildordner für die automatische Verarbeitung ein, der im Agilent CytoGenomics-Programm konfiguriert wurde. -
Seite 89: Surescan-Scanner - Spezifikationen
1 mm kleiner als der Scan-Bereich rechts, 2 mm kleiner als der Scan-Bereich links und 0,6 mm ner Microar- kleiner als der Scan-Bereich oben und unten. Bei Nicht-Agilent Objektträgern ist der Druckbereich ray-Druckbe- um die Array-Drucktoleranz kleiner als diese Angaben. - Seite 90 Scan-Zeit Tabelle 13 Scan-Zeit für einzelne und duale Scan-Vorgänge für den Agilent HD-Scan-Bereich 61 mm x 21,6 mm Auflösung Scan-Zeit, Einzeldurchgang mit 2 Mikrometern Einzeldurchgang mit 3 Mikrometern Einzeldurchgang mit 5 Mikrometern Einzeldurchgang mit 10 Mikrometern Dualer Durchgang mit 2...
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Seite 91: Objektträgerspezifikationen
Spezifikationen zu Strichcode und Strichcodeetikett Strichcodespezifikationen für Agilent Objektträger Der G4900DA Scanner liest Strichcodes, die sich auf der aktiven Seite des Objektträgers befinden. Um eine Abwärtskompatibilität mit den Scannern der Serie G2565AA sicherzustellen, besitzen Agilent Microarrays weiterhin Strichcodes auf beiden Seiten. Das Etikett mit der Beschriftung „Agilent“... -
Seite 92: Strichcodespezifikationen Für Nicht-Agilent Objektträger
Microarray- Microarray- Oberfläche Oberfläche Abbildung 35 Positionierung des Strichcodes für Agilent Objektträger im Vergleich zur Microarray-Oberfläche Strichcodespezifikationen für Nicht-Agilent Objektträger • Die maximale Stärke des Strichcodeetiketts beträgt 0,2 mm. Stellen Sie sicher, dass das Etikett keine Blasen wirft. Kleben Sie keine neuen Etiketten auf alte Etiketten, und erneuern Sie Etiketten, die sich bereits ablösen. - Seite 93 • Die Strichcodelinien müssen parallel zur langen Kante des Objektträgers mit einer Neigungstoleranz von ±3° ausgerichtet sein. • Agilent bietet Unterstützung für folgende Strichcodeformate: • Code 128: Nicht-Agilent Strichcodes mit 12 Stellen dürfen nicht mit einer 2 beginnen • CODABAR: Maximal 8 Stellen; Mindestlinienbreite = 0,15 mm •...
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Seite 94: Informationen Zu Rechtlichen Bestimmungen
Dieses Gerät kann am Ende seiner Lebensdauer recycelt werden. Bitte entsorgen Sie dieses Gerät gemäß den lokalen Vorschriften. Wenden Sie sich für weitere Informationen zu Recycling und Entsorgung an Agilent Technologies. Elektromagnetische Störungen Der Scanner ist zur Verwendung mit abgeschirmten Kabeln vorgesehen. - Seite 95 CAN/CSA-. C22.2 Sicherheitsbestimmungen für elektrische Mess-, Steuer-, Regel- und Nr. 61010-1 - 04 Laborgeräte, Teil 1: Allgemeine Anforderungen UL 61010-1 (2. Ausgabe) Sicherheitsbestimmungen für elektrische Mess-, Steuer-, Regel- und Laborgeräte: Teil 1: Allgemeine Anforderungen IEC 61010-1:2001 Sicherheitsbestimmungen für elektrische Mess-, Steuer-, Regel- und Laborgeräte, Teil 1: Allgemeine Anforderungen EN 61010-1:2001...
- Seite 96 Kontakte erhältlich. Oder senden Sie eine E-Mail an genomics@agilent.com. Agilent Technologies, Inc. 2011-2013, 2015, 2019 Gemäß der Urheberrechtsgesetzgebung in den USA und internationaler Urheberrechtsgesetzgebung darf dieses Handbuch, auch auszugsweise, nicht ohne vorherige Vereinbarung und schriftliche Genehmigung seitens Agilent Technologies, Inc.